Год основания: 1960
Клубные цвета: бело-синие
Команду создано в 1960 году под названием Авангард и сразу была включена в украинскую зону класса «Б» чемпионата СССР. В следующем году клуб переименован в Десну. В течение сезонов 1960-1961 ворота команды защищал известный мастер Виктор Банников. После того, как 22 октября 1961 черниговцы сыграли 1:1 в товарищеской игре со шведским Хаммарбю, на которой присутствовал наставник Динамо (Киев) Вячеслав Соловков, Банникова пригласили в киевский клуб.
В первенстве команда обычно финишировала в середине турнирной таблицы и не боролась за самые высокие места. Успешным было выступление в Кубке СССР 1965 года, когда украинский клуб добрался до 1/8 финала, переиграв такие коллективы как Горняк (Кривой Рог), Авангард (Желтые Воды), Шахтер (Александрия), СКА (Киев), Шинник (Ярославль), Нефтяник (Баку). Победное шествие черниговцев лишь в 1/8 финала остановил казахский Кайрат — в Алма-Ате Десна проиграла 3:4. Этот успех остался наивысшим достижением черниговцев за всю историю выступлений в Кубке СССР.
В следующем сезоне команда боролась за лидерство в первой зоне УССР класса «Б», победители которой имели возможность бороться за выход во вторую группу класса «А» (позже преобразованной в первую лигу). Десна пропустила вперед лишь хмельницкое Динамо, а в целом заняла 4-е место в первенстве УССР в классе «Б». Одним из лучших игроков команды в 1965-1966 годах был голкипер Александр Говоров, который в течение сезона 1966 перешел в Шахтер ( Донецк).
В течение чемпионата 1970 года за команду выступали, в частности, полузащитники Андрей Биба — бывший футболист Динамо Киев и Юрий Морозов, который впоследствии будет выступать за Зарю (Луганск) и ЦСКА (Москва). Наставником был Олег Базилевич. Черниговцы заняли неплохое 11-е место среди 22 коллективов Украинской и Белорусской ССР, но в конце года клуб был ликвидирован. С 1972 года домашние игры в Чернигове начал проводить киевский СКА: в 1972-м клуб выступал под названием команда города Чернигова, а в 1973-1975 СК Чернигов.
В 1977 году Десна была возрождена, а по результатам чемпионата 1982 игроки заняли второе место в украинской зоне второй лиги под руководством главного тренера Ефима Школьникова. Среди игроков можно было выделить 19-летнего стоппера Олега Кузнецова, которого в следующем сезоне пригласил в Динамо Валерий Лобановский и ветерана винницкого и московского Локомотива 38-летнего Анатолия Веретинского. Это было последним весомым достижением Десны в советское время до 1988 года команда во второй лиге не поднималась выше 20-го места.
После провозглашения независимости Украины Десна выступала в первой лиге чемпионата Украины, пока в сезоне 1993/ 94 не занял последнее, 20-е место и не опустилась до второй. Во второй лиге черниговцы были среди лучших и уже в первенстве 1996/97 клуб побеждает в своей группе и ненадолго возвращается в первую лигу — на сезоны 1997/98, 1998/99.
Ежегодно команда была среди фаворитов на повышение в классе в 2003-м финишировала третьей, а следующие два сезона — второй. Вывести команду в первую лигу сумел наставник Александр Томах, который был уволен из-за неудовлетворительных результатов в чемпионате 2006/07 годов клуб занял лишь 14-е место среди 19 команд. 23 августа 2007 года новым владельцем клуба стал Алексей Савченко общественный деятель, председатель ОО «За Чернигов».
В сезоне 2007/08 Десна заняла 4-е место в первой лиге. 23 октября 2008, когда в начале нового сезона клуб был среди аутсайдеров. В ноябре 2008 года Алексей Савченко объявил о продаже 50% черниговского клуба за 10 млн. гривен совладельцем стал народный депутат от Партии регионов, владелец группы компаний «Олимп» Павел Климец. Эта сделка стала самой дорогой продажей футбольного клуба в истории украинской первой лиги.
Спустя месяц Алексей Савченко заявил о том, что готов передать клуб в собственность городским властям Чернигова. Однако город не спешил принимать такой щедрый подарок, хотя и не стал отказываться от него. Спустя два месяца горсовет Чернигова переадресовала подарок Алексея Савченко — в Чернигове желающих финансировать футбол не нашлось.
9 февраля 2009 года ПФК «Десна-Партнер» Савченко передал право на участие в чемпионате Украины по футболу ЧП ФК Десна Валерия Короткова из Ровно. Короткову в одиночку было сложно справиться в финансовыми аппетитами клуба и 13 мая 2009 года хозяином и президентом клуба становится генеральный директор ООО Агрофирма „Пятихатская“ (Петровский район Кировоградской области) Александр Поворознюк. В конце мая Поворознюк достиг соглашения с бывшим владельцем клуба Алексеем Савченко о совместном финансировании. В итоге финансировать Десну в одиночку стал «Десна-Партнер».
В 2010 году Десна стала ощущать серьезные финансовые трудности. 9 июня 2010 года Дисциплинарным комитетом ПФЛ Украины было решено снять Десну с соревнований и исключить ее из ПФЛ за неявку на матч против Стали (Алчевск) чемпионата Украины 2009-2010 и после его завершения была исключена из состава ПФЛ.
Однако благодаря стараниям городских властей и новых владельцев клуба Десну удалось спасти. Была создана юридически новая организация СФК Десна Чернигов. Клуб заявили во вторую лигу, а состав команды формировался с нуля за считанные дни до начала чемпионата. В первом официальном матче сезона за Десну было заявлено всего 14 человек, среди которых был лишь один игрок Десны прошлого сезона — Артем Антонов, который лишь иногда выходил на замену. Однако новому руководству удалось постепенно наладить работу клуба. На протяжении чемпионата команда практически полностью сменила состав, и в итоге долгое время даже боролась за возвращение в первую лигу, однако на финишной прямой последовал спад, и команда заняла пятое место в группе А второй лиги.
В следующем сезоне 2011/12 Десна заняла второе место в своей группе и получила право сыграть в первом матче плей-офф за выход в первую лигу с краматорским Авангардом, но проиграла этот матч со счетом 0:1. После победы над черкасским Славутичем (3:1) в сезоне 2012/13 команда досрочно заняла первое место в группе А и получила право выступать в первой лиге.
По итогам «дебютного» сезона в первой лиге сезона 2013/14 Десна заняла 5 место. Клубу из Чернигова могла помочь удача и ситуация в Украине в досрочном выходе в Премьер-Лигу. Президент северян старался всеми силами, но увы Севастополь отказался от участия в Премьер-лиге, и вопрос о Десне в элите украинского футбола утих, как будто и не начинался. В этом сезоне Десна удачно выступила в Кубке Украины до четвертьфинала, где к сожалению, уступила чемпиону Украины — донецкому Шахтеру. В раунде «1/8″ черниговцам противостоял еще один представитель Премьер-Лиги запорожский Металлург. Матч с Металлургом в Чернигове вышел превосходным, Десна не только прошла команду рангом выше по пенальти, но и ничего не дала ей сделать у своих ворот.