Під егідою футбольного клубу команда «Десна» (Чернігів) почала виступати , починаючи з весняної частини чемпіонату України 1993-1994 років. Першим президентом ФК у січні 1994-го став Іван Федорець, котрий узяв на свої плечі становлення цієї структури. Тогорічного літа «Десна» втратила першолігівську прописку. А три сезони потому, коли її як головний тренер очолив Юхим Школьніков, повернулася на круги своя.
Сезон 1997-98 р.р. деснянці починали з новим президентом. Ним став Аркадій Ринський – очільник відомої тоді у місті фірми «РАН». Очікувалося, що, отримавши можливість працювати з конфіскатом, він забезпечуватиме надійні матеріальні тили команди . Але натомість, вдавшись до сумнівних оборудок, А. Ринський досить швидко посадив клуб у глибоку фінансову яму.
Не спромігся вивести клуб із прориву його наступник Володимир Хоменко – відомий тоді в області голова правління СЗАТ «Агрокомсинтез».
Влітку 1999-го «Десна» знову понизилася в класі. А у вересні того ж року новий футбольний клуб, котрий було зареєстровано як громадську організацію, очолив Іван Чаус. І хоча починати йому довелося фактично на спустошеному місці, «Десна» лише впродовж одного кола не була серед лідерів другої ліги чемпіонату України. Воднораз ставка робилася на вихованців місцевого футболу (був у «Десни» і свій фарм-клуб — добрянський ФК «Полісся»), поступово зміцнювалася база команди. Щоправда, підвищення у класі з різних причин дещо затягнулося. Та, зрештою, наприкінці весни 2006-го під керівництвом іменитих фахівців Олександра Томаха та Юхима Школьнікова першолігівську путівку було здобуто.
Варто зазначити, що у ті роки команді відчутно сприяли міська, а також обласна влада. Але, щоб успішно виступати у першій лізі, потрібні були значно надійніші фінансові тили. Тож ініціатива молодої київської банківської установи виявилася актуальною.
Наприкінці серпня 2007 року президентом футбольного клубу став голова наглядової ради «Партнер – банку» Олексій Савченко.. Були погашені поточні борги клубу, в рази поліпшилося фінансове забезпечення. Новий президент і чартерні рейси команди оплачував, і автомобілі окремим гравця дарував, і регулярне харчування команди організував, і післяматчевими феєрверками захоплювався. . Велелюдно було на стадіоні. І у тому чемпіонаті «Десна», яку тренував Сергій Кучеренко, фінішувала четвертою, що стало найвищим її результатом у чемпіонатах незалежної України.
Однак казка швидко закінчилася. На старті наступної першості деснянці опинилися в аутсайдерському болоті, і на прес-конференції 23 жовтня 2008 року Олексій Савченко зробив скандальну заяву про причину успіху у попередньому сезоні: «Грала не „Десна“, а грали мої „бабки“ та амбіції. Кожна гра мені коштувала від 5 до 15 тисяч доларів. Я можу пофамільно назвати суддів, які брали гроші і людей, котрі їх їм давали. Коли я перестав їм платити, то став таким і спортивний результат, який нині і заслуговують футболісти». Доводиться констатувати, що справа стосовно корумпованих суддів, по великому рахунку, так і не була доведена до кінця. А сам Олексій Савченко,будучи тимчасово відстороненим від футболу, заявив, що «дарує клуб меру і депутатам».І клуб не на один місяць завис у повітрі. А у кінцевому ж підсумку 9 лютого 2009 року при
посередництві міської влади ПФК «Десна-Партнер» Олександра Савченка передав право на участь в чемпіонаті України з футболу ПП ФК «Десна» Валерія Короткова з Рівного.
Далі ж події розгорталися таким чином, що через півтора року цей клуб зазнав фіаско. У Короткова досить швидко «закінчилися гроші», і вже у середині травня він передав клуб директору агрофірми з Кіровоградщини Олександру Поворознюку.. А той у свою чергу уже в кінці місяця досягнув угоди з Савченком про спільне фінансування. Однак досить скоро Поворознюк перестав займатися будь-якими справами, пов»язаними з «Десною».
… А починаючи з 9 липня 2010 року, новітня історія чернігівської команди продовжує писатися під егідою клубу Олексія Чеботарьова — СФК «Десна».